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黄板蜜柚最新版本:军事科学院军事医学研究院陈河兵副研究员学术报告

来源: 点击: 时间:2022年03月23日 11:22

报告题目:染色质结构表征算法开发及应用

报告时间:2022年3月24日,周四,10:00 AM

腾讯会议:917-801-753

告 人:陈河兵副研究员 军事科学院军事医学研究院、北京市科技新星

摘       要:

人细胞内的染色质结构非常复杂,长度2米左右的DNA缠绕在微米级别的细胞核中,在高度复杂的结构中有序地行使着转录、复制、修复等功能,调控着复杂的基因表达系统。单细胞数据显示,染色质结构随时间动态变化,并且相同类型细胞的染色质结构也可能存在异质性。那么,如何表征那些能够影响基因表达甚至引起疾病的染色质结构变化呢?围绕这个问题,我们从染色质结构的基本单元——染色质拓扑关联结构域(topologically associated domain,TAD)入手,对染色质结构进行定性、定量表征,并挖掘TAD相关的肿瘤标志物:1)构建了染色质开放致密度指标SDOC来表征TAD的活跃程度;2)基于TAD边界改变和转录异常,构建了TARGET计算框架来筛选癌基因;3)基于TAD层级结构的变化,定义了TH score指标,发现基因的TH score变化与肿瘤的恶性表型及不良预后显著相关。

个人简介:

陈河兵,军事科学院军事医学研究院副研究员,北京市科技新星。主要研究染色质的结构和功能,运用深度学习等方法开发三维基因组计算方法并加以应用。作为负责人承担国自然青年项目、面上项目以及军委科技委等多项课题,以第一或通讯作者(含并列)在Nature Machine Intelligence、Nucleic Acids Research、PLoS Computational Biology、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics等专业期刊发表研究论文20篇,授权中国发明专利4项。担任《Quantitative Biology》期刊“三维基因组”专刊特邀编辑,兼任中国人工智能学会生物信息学与人工生命专业委员会委员、中国自动化学会智能健康与生物信息专业委员会委员。




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